Para evitar una contaminación del alimento por microorganismos a través de las superficies, utensilios y maquinaria que haya estado en contacto directo con los alimentos, es fundamental una limpieza y desinfección adecuada.
A veces es difícil verificar que el proceso de limpieza y desinfección se realiza adecuadamente tan solo con un control visual, ya que es algo subjetivo. Por eso, para verificar que las instalaciones, equipos y útiles están bien desinfectados, hay que llevar a cabo controles analíticos de superficies de manipulación de alimentos.